Metternichschen System (Demagogenverfolgung) seiner Arbeitsgrundlage beraubt. Aus diesem Grund verließ er 1830 seine Heimat und ging zunächst nach München, wo er ab 1831 das Stück „Die Wittelsbacher“ am Theater aufführte. Ein Jahr später übersiedelte er nach Trier. Dort begann Duller eine langjährige Freundschaft mit Friedrich von Sallet. Durch seine Arbeit am Drama „Franz von Sickingen“ zog er sich in seiner deutschen Wahlheimat (Trier) den Hass der örtlichen Geistlichkeit zu. 1834 ging er dann nach Frankfurt am Main und brachte dort ab 1835 den „Phönix. Frühlings-Zeitung für Deutschland.“ heraus. Das Literaturblatt für diese belletristische Zeitschrift, die unter anderem auch Vorabdrucke von Georg Büchner, Christian Dietrich Grabbe und anderer Vertreter des Vormärz aufnahm, besorgte bis zum Sommer 1835 Karl Gutzkow. Im Jahr 1836 zog Eduard Duller nach Darmstadt wo er bis 1849 blieb und an der deutschkatholischen Bewegung, die eine Loslösung des deutschen Katholizismus vom römischen Papst anstrebte, lebhaften Anteil nahm.

Im pathetischen Stil des 19. Jahrhunderts schreibt er dazu: „Da komme ich wieder auf das Werk einer freien deutschen katholischen Kirche zurück. Ich kann nicht anders; ich möchte als Wächter auf der Warte stehen und es in jeder Stunde des Tags und der Nacht allen deutschen Herzen zurufen – Ihr katholischen Priester und Laien Deutschlands, reicht euch die Hand zum Bunde, ohne Menschenfurcht; dem Mutigen für eine gerechte Sache steht Gott bei, und dies Deutschland, dieser Boden der Freiheit und Treue, soll nicht länger von Verknechtung durch Jesuiten und Römlinge entweiht werden. … Ihr evangelischen Brüder aber bildet die feste Wand um diesen Kampfplatz, auf dem die deutschen Katholiken stehen, die lebendige Mauer, die kein Jesuit und Römling durchbreche, um zu jenen hinanzudringen…. So, wenn die deutschen Katholiken von Rom unabhängig geworden, wird der große Tag des Friedens über einem einigen Deutschland aufgehen; und sei es nach härtesten Mühen, ein freies Dasein, die Ehre und Sittlichkeit einer Nation sind solcher Mühen wert.“

Schließlich wechselte er ein weiteres Mal seinen Wohnort und ging nach Mainz. Dort wurde er 1851 Prediger der deutschkatholischen Gemeinde. Als Wilhelm Emmanuel Freiherr von Ketteler im Jahr 1850 Bischof von Mainz wurde, kam es zu einer heftigen Auseinandersetzung, da Ketteler die Deutsch-katholische Bewegung mit aller Macht bekämpfte. Da Eduard Duller die Anerkennung als Prediger durch die Regierung des Großherzogtums Hessen-Darmstadt versagt wurde, ging er nach Wiesbaden. Dort starb er im Juli 1853. Sein Grab befindet sich auf dem Mainzer Hauptfriedhof. Eduard Duller hat nicht nur als Dichter und Novellist, sondern später auch als Geschichtsschreiber eine rege Tätigkeit entwickelt. Er stand durch sein modernes Denken auf der Höhe der damaligen Zeit. Einen herausragenden Platz seines Schaffens (aus heutiger Sicht) nimmt die populäre Darstellung der Geschichte des Jesuitenordens „Die Jesuiten, wie sie waren und wie sie sind“ ein. Er deckt hier die meist im verborgenen stattfindenden kriminellen Aktivitäten des Ordens sowie seine moral- und gesellschaftsschädigenden Maximen auf. An vielen Beispielen zeigt er den Missbrauch der Religion durch die katholische Kirche.

In seinem Buch heißt es dazu: „Gleichwohl hat sich jene jesuitische Lüge: ‚als ob nur jener Fürst, nur jener Staat sicher sein könne, der sich der Vormundschaft des Ordens und überhaupt der Kirche völlig überlasse,‘ noch lange, selbst bis auf den heutigen Tag, geltend gemacht; die Schwachen im Geiste glauben daran, weil sie mit blöden Augen das heilige und erhabene Wesen der Religion, ohne welche keine Familie, und um wie viel weniger ein Staat bestehen kann, nur im Gewand der Kirche, und zwar der römischen, wahrzunehmen vermögen und es mit der Priesterherrschaft völlig vermengen.“