Lehrers`Tod (Laurenz Janscha) im Jahr 1812 wurde Joseph Mößmer sein Lehrer. Da er schon damals unter dem Einfluss der Werke, des Claude Gelée (genannt Lorrain) und Jakob Ruysdael stand, wandte sich schon bald nur noch der Landschaftsmalerei zu, durch welche er bereits 1810 einen 1. Preis der „Akademie für Landschaftszeichnung“ erhalten hatte. Durch zahlreiche Wanderungen in die malerischen Gegenden Niederösterreichs angeregt, entwickelte er über den Umweg der idealen, traditionellen Naturdarstellung und der Vedutenmalerei der älteren Malergeneration eine neue, unmittelbare und realistische Naturschilderung. 1817 erhielt er den „Großen Malerpreis“ der Akademie (gestiftet vom Kaiser), das so hoch prämierte Bild erwarb der große Fürst Metternich, welcher sich fortan für den jungen Maler einsetzte. So konnte er durch die Förderung des Fürsten Metternich noch im selben Jahr die österreichische naturhistorische Expedition nach Brasilien begleiten. Unter schwierigsten klimatischen Bedingungen und unter höchstem persönlichen Einsatz fertigte Ender auf dieser Reise über 700 Aquarelle und Zeichnungen an. 1819 begleitete er den Fürsten und auch den Kaiser Franz I. nach Rom und blieb dort für vier Jahre als kaiserlicher „Pensionär“. Im Jahr 1823 malte er für den Fürsten Metternich etliche Ansichten des Salzkammergutes. 1826 reiste Thomas Ender nach Paris und trat dort als Nachfolger des Matthäus Loder als Kammermaler ab 1829 in den Dienst des Erzherzog Johann, für den er einige Salzburger und Tiroler Landschaften malte. 1837 nahm er an der Südrussland und Orientreise (in die Türkei und nach Griechenland) teil. Seit 1824 war er Mitglied der Wiener Akademie und 1836 wurde er zum „Corrector“ der Landschaftsklasse berufen und ein Jahr später zum Leiter (Professor) der neu gegründeten Klasse für Landschaftsmalerei ernannt. 1845 wurde Ender zum kaiserlichen Rat ernannt und trat dann 1851 in den Ruhestand. Er wurde 1853 mit dem Franz-Joseph-Orden ausgezeichnet und erhielt 1854 das Bürgerrecht. 1855 und 1857 trat Ender nochmals Reisen nach Italien an. Im Jahr 1875 und nach einem bewegten Leben starb er schließlich in Wien. Thomas Ender war seit 1832 mit Theresia Arvay verheiratet. Nach seinem Tode am 30. September 1875 wurde er auf dem Wiener Zentralfriedhofbeigesetzt. 1922 benannte man die Endergasse in Wien-Meidling nach der Malerfamilie Ender. Thomas Ender verband sein künstlerisches Können in der Landschaftsmalerei mit einem wissenschaftlichen Interesse an topografischen Gegebenheiten. Dabei nehmen seine Bilder aus Brasilien einen besonderen Stellenwert ein. Aber auch innerhalb Österreichs war Ender an einer topografisch genauen Erfassung der Alpenländer interessiert, die im Auftrag und im Interesse des Kaiserhauses entstanden. Damit stand Ender innerhalb einer Zeitströmung, die bemüht war, die Welt und Natur möglichst umfassend und genau zu dokumentieren, ähnlich wie der Maler Johann Knapp die Pflanzenschätze des österreichischen Kaiserhauses in Schloss Schönbrunn mit größter künstlerischer Meisterschaft erfasste.